先生所言极是，您所提出的这些问题都很有启发性，也很关键。这几天我也一直在思考类似的问题，也在寻找明代造印制度的资料，但是只找到了若干清代造印制度的研究成果。
一，印章实际作用，据目前来看，应该是日常办公所用。前天发现一个威海卫的奏折，说是印章已使用百多年，多有磨损，要求换新印。千户、百户等印都有的，且需要同时换新印。从这个奏折可以看出：印章是各级官员日常专用的，且一直保留使用，轻易不会更换。
二，（1）朱元璋临死前下令在山东设置这些卫所的真实原因恐与当年年初（一月、二月）倭寇大举侵犯山东有直接联系，但是也不能排除他早先就规划设计好的可能性——毕竟一次性设这么多的卫不是一件小事。但是，目前来看，没有找到相关史料来解答朱元璋最后一年设这么多卫的原因。
（2）编号，应该是与百户所的编号相关，而不是与第几任官员相关。这个从威海卫请求更换官印的奏折中可以推断出来。
百户印章至少能判断出百户所的设置年代的下限，由于卫所相对稳定，所以也可以间接推断出卫、千户所的设置年代的下限，实物若再结合相关《明实录》记录，得出的结论还是相当可靠的。当然，若能找寻到更多的权威记载就再好不过的了。

非常同意您的分三步走的高见。派兵筹备、正式下文设置、城池修筑有时候并不在同一年。所以，需要分清这三个阶段的不同时间。

对于您提出的该百户印“反倒证明鳌山卫在洪武三十一年前已经存在”，这个是值得商榷的。从目前出土的几个印章来看，卫所建置之后，同时便会造刻印章，比如朵颜卫于洪武二十二年（1389）设立，是年便刻有印章。“朵颜卫左千户所百户印”现存于黑龙江省博物馆，印背阴刻“洪武二十二年五月日”。从常理判断，建卫的同时肯定也会造印，不然如何处理公务？若二十一年就已建城，应不会说十年之后才造印！

对于乾隆《即墨县志》中记载的“鳌山卫城，县东40里，明洪武二十一年魏国公徐辉祖檄指挥佥事廉高筑”，您认为这是准确的，但是，我认为这个是无根据的。此说的最早记录可追朔至嘉靖《山东通志》，而万历《即墨志》中就已经记载不清了，只说“国初魏国公徐辉祖开设”，乾隆的县志应该是依据嘉靖通志。根据《明太祖实录》洪武二十二年十二月癸丑，“魏国公徐允恭、曹国公李景隆自湖广练兵还”。从这点这里看出，魏国公在此前一段时间还在湖广练兵，是否能同时派人筑鰲山衛还是值得推敲的。

再退一步，假设二十一年筑城，但是遍查二十一年至三十一年的《明太祖实录》，只字未见“鳌山”二字，《明史》中也未将之列入二十六年的卫所表中。建卫、千户所都是大事，实录中不会不载，也不会不造印。

有最为权威的实录记载和百户印，足以将其余史料（皆为百年之后的记载）推翻。

一点愚见，请继续批评指正。

关于楼主的“山东鳌山卫设置年代再考”的结论，“所以，有《實錄》和這一方銅印就足以證明鰲山衛是建於洪武三十一年無疑。部份史籍中有關鰲山衛建於洪武二十一年和洪武三十五年（建文四年）的記載想必都是因襲前人之說，實不足據。”
我个人建议：要搞清楚鳌山卫设置年代，应分为三个阶段，第一、查清鳌山卫驻军的时间，即朝廷派兵时间，即墨县志载：洪武二十一年；第二、查清楚建卫城的时间，修筑卫城一般要比驻军时间晚一到二年、或者再晚些时间；第三、朝廷发放印章时间，发放给卫指挥使的印章未见，楼主只提供一枚“百户”章、及铸造时间（洪武三十一年），这枚印章不足证明鳌山卫设置年代（时间），反倒证明鳌山卫在洪武三十一年前已经存在。

謝謝指正。
但是，您的這個理解恐怕是值得商榷的：
1，山東都司早已存在（洪武八年由青州都衛為山東都指揮使司），所以三十一年設置的肯定不是山東都司。所以，可以直接將限定性的“山東都指揮使司屬”去掉理解，即“置……衛七：曰安東，曰靈山……”。
2，除了這七衛之外，山東都司轄有其它衛，如萊州衛（洪武二年二月置）、登州衛（洪武九年置）、寧海衞（洪武十年置），這些都早已設置，為何沒有洪武三十一年列出？
3，七個衛的設置年代，比較模糊，都有不同設置年份的記載。大嵩衛應該是爭議最少的，設置與洪武三十一年。
4，最補充一個，若鼇山衛等衛設置於洪武二十一年，卻不見於《明史》記載的洪武二十六年之前設置的衛所列表，這似乎有些講不通的。儘管不排除《明史》記載的錯誤，可能會出現遺漏一兩個衛所的名稱，但是若遺漏七個，顯然是不可能的。
歡迎繼續批評指正。

由引文二只能看出，七衛在此前已經存在（屬衛七）。